В середине XXI из-за парникового эффекта мир окончательно поразила экологическая катастрофа. Новые хозяева, скрывшиеся в «городах будущего», контролируют мировую экономику налогами и лимитами на углекислоту, любое нарушение правил немедленно карается. Над Токио царит гигантская башня – новый город Атлас, остальной мегаполис полуразрушен и превращен в джунгли, чтобы хоть как-то бороться с углекислым газом. Атласом правит кучка аристократов во главе с жестокой и циничной Рёко, впрочем, и она не может контролировать все – например, финансово-политические махинации гениальной малышки Карин, создавшей суперкомпьютер «Медуза». Но даже правители-технократы Атласа верят в одно древнее пророчество…
В то же время в Японии действует группа повстанцев «Железный век», призывающая к отказу от загрязнения среды и к переходу на биотехнологии. Их база – район Дуомо среди развалин Токио. Действие начинается с освобождения из женской тюрьмы Атласа 18-летней Кунико Ходзё – внучки лидера «Железного века», харизматичной девушки, которую уважают все повстанцы. Вот только не знают они, что за Кунико следят, и, чтобы подтолкнуть ее в нужную сторону, на Дуомо нападает отряд под командой майора Кусанаги. И вот в пылу боя становится ясно – Кунико, Кусанаги и 8-летняя аристократка Микуни связаны пророчеством. Именно они решат судьбу нашего дряхлеющего мира…