В будущем, когда кибертроника достигла небывалого расцвета, люди получили в помощники тысячи биороботов (так называемых бумеров), предназначенных облегчить выполнение самых разнообразных задач. Но их присутствие в обществе породило массу противоречий и конфликтов. В самом сердце проблемы оказался Базз, оперативный работник спецподразделения Бранч, сфера занятия которого — преступность, связанная с бумерами. Личное отношение Базза к биороботам далеко от дружественного, но с опытом приходит понимание, что людей надо спасать не от бумеров, а от самих себя…

В мире, где люди и роботы живут вместе, есть купольный город с названием «Ромудо». Находящийся под абсолютным контролем, этот рай в которым нет необходимости в такой вещи как «чувства». Но этот утопический пейзаж вскоре будет нарушен серией таинственных убийств. Рил (Лил) Мэйер, женщине-следователю из Управления Гражданской Информации, поручено расследовать причины этих убийств. Проникая глубже в суть дела, она вскоре увязает в тайне «Пробуждения», которое изменит её жизнь, и жизни всех, кто живёт в Ромудо…навсегда.

Прошло два года после событий, описанных в GiTS Stand Alone Complex 2nd GiG, и Мотоко Кусанаги уже покинула 9-ый отдел, который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Кукловоду.