Группа была основана гитаристом Юрием Мелисовым, известным под ником Juron. Первые попытки организовать группу были предприняты ещё в 1993 году, но состав был собран только два года спустя. В 1995 году еще безымянным коллективом был записан демо-альбом Феникс, с вокалом Мелисова. Уже этот дебютный материал вышел на известном лейбле Moroz Records. По словам Андрея Лаптева, в то время никакого договора с лейблом на выпуск альбомов ещё не было, и участникам пришлось заплатить собственные деньги для того, чтобы их издали под маркой этого лейбла. С 1995 года группа получила название Эпидемия. Первый концерт группы состоялся 20 декабря 1995 года в ДК МЭИ. Именно этот день считается официальной отправной точкой в истории коллектива. Для записи первого альбома к группе присоединились вокалист Павел Окунев и гитарист Роман Захаров, ставший вторым композитором группы. Дебютный релиз Воля к жизни (1998) состоял всего из пяти композиций, но уже на следующий год группа выпускает полноценный альбом На краю времени. Состав, принимавший участие в его записи, состоял из Юрия Мелисова (гитара), Романа Захарова (гитара), Павла Окунева (вокал), Ильи Князева (бас-гитара) и Андрея Лаптева (ударные).

В 2000 году из-за творческих разногласий группа расстается с Павлом Окуневым, впоследствии основавшим группу Арда. Его сменил Максим Самосват (позднее также вокалист первых двух альбомов прогрессив-метал группы Mechanical Poet). Именно с его появлением музыканты связывают резкий взлёт популярности группы в начале нового века. Первый альбом с участием нового вокалиста, Загадка волшебной страны, отличался большей мелодичностью и меньшим влиянием спид-метала. На балладу «Я молился на тебя» был снят видеоклип, показанный по MTV Russia. Эпидемия попала в число номинантов MTV Europe Music Awards 2002 от России и попала в пятерку победителей. Музыканты присутствовали в Барселоне на вручении этой престижной премии. В одном из шоу на MTV группа выступила совместно с легендарным Alice Cooper.

На следующий год группу покинул один из лидеров — Роман Захаров, которого сменил Павел ‘Bush’ Бушуев. В это же время Андрей Лаптев ссорится с коллективом и покидает группу. Ему на замену приходит Евгений Лайков, а затем и Дмитрий Кривенков.

С новым составом Мелисов начал реализовывать свою давнюю мечту: сюжетную метал-оперу. В его первоначальные планы входила постановка по мотивам книжного сериала Dragonlance, но в итоге был написан самостоятельный, хотя и похожий, сюжет. В записи концептуального альбома Эльфийская рукопись приняли участие музыканты из групп Ария, Arida Vortex, Чёрный Обелиск, Мастер и Бони НЕМ. Презентация альбома совместно с группой Ария состоялась 13 февраля 2004 года перед шеститысячной публикой на фестивале «Пятница, 13-е». Популярность Эпидемии резко возрастает. Песня с альбома — «Пройди свой путь» на месяц заняла 1-е место в хит-параде Нашего Радио «Чартова Дюжина».

Вскоре из группы уходит второй гитарист Павел Бушуев. Его сменяет Илья ‘Lars’ Мамонтов.

В 2005 году группа выпустила альбом Жизнь в сумерках, состоявший из перезаписанных в новом составе песен Мелисова с альбомов, предшествовавших Эльфийской рукописи. На официальном сайте группы было проведено голосование среди фанатов, по итогам которого и были выбраны песни для перезаписи. Изменились аранжировки и вокальные партии, они стали разнообразнее и тяжелее. Вокальные партии Самосвата стали жёстче. Старые песни получили новое звучание, кое-где слегка поменялся текст. Альбом вызвал одобрение как новых, так и старых фанатов группы.

В этом же году группе исполнилось 10 лет. В коллективе появляется новый клавишник Дмитрий Иванов. Вскоре группу покидает басист Илья Князев, которого заменил молодой талантливый музыкант Иван Изотов.

В начале 2006 года вышел официальный mp3-сборник Эпидемии с релизами с 1998 по 2005 год. А уже в самом конце года — двойной концертный DVD Хроники сумерек: 10 лет пути (часть первая) и Хроники сумерек: Эльфийская рукопись (часть вторая) с концерта 2005 года, посвященному 10-летию группы.

В декабре 2007 года группа записывает продолжение своей метал-оперы: Эльфийская рукопись: Сказание на все времена. В записи снова приняли участие Артур Беркут, Андрей Лобашев, Дмитрий Борисенков и Кирилл Немоляев, а также новые участники: вокалист фолк-группы Тролль гнёт ель Константин Румянцев и экс-вокалист Мастера Михаил Серышев. Презентация альбома прошла в Лужниках 3 декабря 2007 года.

Осенью 2008 года Эпидемия объявила о начале сотрудничества с компанией «Yamaha» c контрактом на год. Впервые в России вся группа стала официальным эндорсером отдельной музыкальной компании, работая напрямую с брендом. Группа получила новые и лучшие инструменты компании Yamaha.

9 апреля 2009 года свет увидел первый сингл группы «Сумеречный ангел», состоящий из двух новых песен, которые исполнялись ранее в живую, и двух новых версий песни «Пройди свой путь» из альбома Эльфийская рукопись. Сингл был выложен для бесплатного скачивания с официального сайта группы, а также вышел ограниченным тиражем на CD.

1 апреля 2010 года вышел альбом Дорога домой, записанный в Финляндии на студии Sonic Pump и в России на студии Dreamport. Также в качестве бонус-трека на альбом вошли две старые песни, написанные еще в 1994 году — «Феникс» и «Вернись».

9 сентября 2010 года группа объявила о том, что Иван Изотов покидает Эпидемию, а его место занимает Илья Мамонтов, который ранее занимал место гитариста Эпидемии. Место сессионного гитариста занимает Андрей Смирнов (Everlost), до объявления нового гитариста группы.

25 октября 2010 года группу покидает Максим Самосват, который пел в группе на протяжении 10 лет. Он выступил в последний раз с Эпидемией, как и Иван Изотов, на концертах 10 и 11 декабря 2010 года, посвящённых 15-летию группы.

14 декабря 2010 года группа объявила, что новым вокалистом становится Евгений Егоров, который на протяжении трёх лет пел в группе «Колизей», а также участвовал в записи метал-оперы «Эльфийская рукопись: Сказание на все времена», где исполнил роль золотого дракона Гилтиаса.

16 декабря 2010 года Эпидемия выпускает DVD «Эльфийская рукопись: Сага о двух мирах». В видео вошли обе постановки метал-оперы «Эльфийская рукопись» и «Эльфийская рукопись: Сказание на все времена», а также интервью у музыкантов и остальных участников проекта, где рассказывается история создания метал-оперы.

20 декабря 2010 года к группе, в качестве второго гитариста, присоединяется Дмитрий Процко, один из основателей и гитарист группы «Арда» на протяжении 8 лет.

26 февраля 2011 года группа отправляется в большое турне, посвящённое 15-тилетию группы. Данное турне станет первым с участием Евгения Егорова. В планах «Эпидемии» перезаписать свои старые медленные композиции и записать альбом баллад, с вокалом Евгения Егорова примерно к зиме 2011 года. 29 мая 2011 года состоялся акустический концерт группы, на котором производилась съёмка DVD.

1 сентября 2011 года Эпидемия объявила о готовящемся ремиксовом альбоме-сборнике «Всадник из льда».

24 декабря 2011 года в Муз-Торге состоялась автограф-сессия, приуроченная к выходу альбома «Всадник из льда», также можно было купить этот альбом. 25 декабря 2011 года состоялась презентация нового альбома в московском клубе «Milk Moscow». На сцену с группой «Эпидемия» вышли коллеги по «Эльфийской Рукописи» Артур Беркут и Дмитрий Борисенков.

На официальном сайте группы музыканты объявили о выходе нового DVD «В трезвучиях баллад», который содержит в себе два диска: первый — видеоверсия акустического концерта, который прошел 29 мая 2011 года, второй, соответственно, аудиоверсия. Особенностью данного диска является аранжировка песен — свои известные композиции группа исполнила в различных стилях мировой музыки. Так, например, песня «Жизнь в сумерках» исполнилась в стиле латино-рок, а композиция «Час испытания» в стиле джаз.