В космическую тюрьму Данте-01, служащую местом заключения для самых опасных преступников из окружающих миров, поступает новый узник. Он — единственный выживший после того, как корабль, на котором он находился, столкнулся с неизвестной инопланетной сущностью. И теперь, он осужден на заключение в отдаленной космической тюрьме, и на участие в бесчеловечных экспериментах. Однако, мистическая сила, приобретенная им в катастрофе, вскоре вырывается наружу…

Действие фильма происходит в 2095 году в Нью-Йорке. Мрачный футуристический город будущего населяют генетически модифицированные люди с пересаженными органами. Чудеса нанохирургии людям стали доступны благодаря корпорации «Евгеника», замешанной в незаконных опытах над людьми и пришельцами, к тому же обладающей большой властью в этом мире. В Центральном парке появилась аномалия, так называемая «зона вторжения», проникновение в которую для людей заканчивается смертью. Над городом парит неизвестно откуда взявшаяся пирамида, внутри которой боги Древнего Египта Анубис и Баст решают судьбу Гора.

В насквозь кибернетизированном будущем самый ценный товар — информация, доставляемая курьерами в самом надежном месте — в их собственном мозгу. Для того, чтобы преуспеть в этом бизнесе, Джонни «стер» воспоминания детства и расширил память сверхсовременных компьютерных приспособлений.
Но и этого оказалось мало для информации, которую он взялся доставить. Если ее вовремя не сгрузить, то Джонни погибнет. Ставки велики, и информацию из головы (можно и с головой, но без Джонни) желает получить вездесущая японская мафия, подключающая в столь тонкому делу проповедника…

Спустя 200 лет со дня гибели лейтенанта Рипли, военные ученые клонировали ее с помощью оставшихся образцов крови, вместе с ДНК Чужого внутри нее в надежде получить абсолютное оружие. На базовый корабль, где проводятся эксперименты, прилетает небольшой челнок контрабандистов, среди которых хрупкая на вид женщина — механик Колл, поставившая своей целью уничтожить мать будущего чудовища. Детеныш все-таки появляется на свет, и Рипли, объединившись с Колл, снова вступает в схватку с монстром, угрожающим жизни на планете Земля — ведь именно туда направляется базовый корабль.