«Bones» основали сотрудники компании «Sunrise» — Масахико Минами, Кодзи Оусака и Тосихиро Кавамото, в октябре 1998 года. Одним из первых проектов студии была совместная с «Sunrise» работа над фильмом «Cowboy Bebop: Knockin’ on Heaven’s Door», базирующимся на аниме-сериале «Cowboy Bebop».